Instalando ubuntu en serial ata

[Alberto Pastor]

Buenas, tengo un pc con 3 discos duros. El disco en el ide0 (master) 
tiene un win98 y es el que bootea y tal, en el ide0 (esclavo) tengo un 
win2k y en el serial ata tengo datos y tal en ntfs. Lo que quiero hacer 
es quitar el disco del win98, comprar un serial ata nuevo y configurarlo 
como ide0, e instalar ahi la ubuntu (la cual probe el otro dia y me 
enamoró).
De ahi salen mis dudas, si quito el master perderé el boot del windows. 
Instalando ubuntu tendré opción a configurar el LILO para que me permita 
arrancar directamente el win2k? Y ya que estoy, ¿hay alguna forma de 
cambiar la forma que tiene de navegar entre carpetas el nautilus?
Gracias