cada vez que enciendo tengo que volver a montar la particion de windows

[Jesus .]

Claro que sí.
Edita el archivo "fstab". Tienes que introducir la dirección física de
tu particion windows (que suele ser "/dev/hda1") el punto de montaje
(que se suele poner en "/mnt/loquesea") y unas cuantas opciones como
por ejemplo añadir la opción "auto" para que se monte automaticamente
cada vez que inicia el sistema.