Extraer varias lineas de texto

[Andrés Flórez]

Hola Raul

Los comandos funcionaron,,, pero el asunto es que yo tengo el archivo

>LmjF02.0410|RNA-editing complex protein MP81,putative
MHTAVLRQLSTPSTRPSGTANGGFGSSGVRDGSAPAPPSRGDGAATAPQQRSSHGVSSEL
>LmjF26.0390|RNA editing 3' terminal uridylyl
transferase 2,RET2, RNA editing complex MP57
MHAPTPLYLYVAVTRGLCSSAVAASSSADAASSPSAASSSTSEGVSYASHLVASNDHYVQ.....

y son muchas mas lineas de ese tipo....

pero quiero extraer por ejemplo asi:

>LmjF02.0410|RNA-editing complex protein MP81,putative
MHTAVLRQLSTPSTRPSGTANGGFGSSGVRDGSAPAPPSRGDGAATAPQQRSSHGVSSEL

y ese comando me las muestra todas,  aun si yo solo especifico uno como este
LmjF02.0410

Agradezco tu ayuda

bye

El día 26/10/07, Raul Veleiro A (en Yahoo) <raul_veleiro en yahoo.es> escribió:
>
>
> --- Andrés Flórez <andrewflorez en gmail.com> escribió:
>
> > Muchas gracias Raul,
> >
> > lo intente pero el asunto es que me sale un error:
> >
> > tr: si no se está truncando conjunto1, cadena2 debe
> > ser no vacía
> >
> > yo sinmebargo yo lo reemplacé por un caracter y
> > funcion el comando tr
> >
> >
> >
> > El día 26/10/07, Raul Veleiro A (en Yahoo)
> > < raul_veleiro en yahoo.es> escribió:
> > >
> > >
> > > --- Andrés Flórez <andrewflorez en gmail.com>
> > escribió:
> > >
> > > > Hola a todos:
> > > >
> > > > Tengo una dificultad para manipular archivos de
> > > > texto:
> > > >
> > > > Un archivo tiene varias lineas de la siguiente
> > > > forma:
> > > >
> > > > linea indicadora:
> > > >
> > > > >Nombre de la secuencia
> > > >
> > > > siguiente linea:
> > > >
> > > > cadena de caracteres.
> > > >
> > > > AKGKA ......
> > > >
> > > > Ejemplo:
> > > >
> > > > >LmjF02.0410|RNA-editing complex protein MP81,
> > > > putative
> > > >
> > >
> >
> MHTAVLRQLSTPSTRPSGTANGGFGSSGVRDGSAPAPPSRGDGAATAPQQRSSHGVSSEL
> > > > >LmjF26.0390|RNA editing 3' terminal uridylyl
> > > > transferase 2,RET2, RNA
> > > > editing complex MP57
> > > >
> > >
> >
> MHAPTPLYLYVAVTRGLCSSAVAASSSADAASSPSAASSSTSEGVSYASHLVASNDHYVQ
> > > >
> > > >
> > > > Necesito redireccionar a un archivo de texto
> > por
> > > > ejemplo la linea que dice
> > > > >LmjF02.0410|RNA     HASTA   EL FINAL DE LA
> > CADENA
> > > > DE CARACTERES, MEJOR
> > > > DICHO HASTA ANTES DONDE EMPIEZA LA SIGUIENTE
> > LINEA
> > > > CON EL SIGNO >
> > > >
> > > > En otras palabras necesito extraer un intervalo
> > > > desde una linea > con un
> > > > nombre hasta la proxima linea > con otro nombre
> > > >
> > > >
> > > > Les agradezco mucho cualquier ayuda.
> > > >
> > > >
> > > >
> > > > --
> > > > Andrés F. Flórez
> > > >
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> > > > Universidad de Antioquia.
> > > > Medellín-Colombia.
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> > > Aquí esta Andrés, no hace falta el bucle for que
> > te
> > > mencione antes:
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> > > cat p.txt | tr '\n' ' ' | awk 'BEGIN { RS = ">" ;
> > FS =
> > > ">" } ; { print $1, $2 }'
> > >
> > > TRUCO: jugar con los RS (Record Separator) y FS
> > (Field
> > > Separator) del AWK.
> > >
> > > El AWK es un lenguaje de progrmacion muy potente
> > > diseñado exclusimante para procesar ficheros de
> > texto.
> > >
> > > Aqui esta el manual:
> > > http://www.gnu.org/software/gawk/manual/gawk.html
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> > > Raul
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>
> El segundo caracter a sustituir es ' ' y no '', es
> decir se sustituye ENTER por un espacio. Segun el
> error que has enviado, estas sustituyendo "ENTER" (\n)
> por "nada" y eso no le gusta al tr.
>
> A mi si me funciona:
>
> raul en Ubuntu32BIT:~$ cat p.txt
> >LmjF02.0410|RNA-editing complex protein MP81,putative
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> raul en Ubuntu32BIT:~$
> raul en Ubuntu32BIT:~$ cat p.txt | tr '\n' ' ' | awk
> 'BEGIN { RS = ">" ; FS = ">" } ; { print $1, $2 }'
>
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