Extraer varias lineas de texto

[Jesus Serrano]

On 10/26/07, Andrés Flórez <andrewflorez en gmail.com> wrote:
>
>
> Hola a todos:
>
> Tengo una dificultad para manipular archivos de texto:
>
> Un archivo tiene varias lineas de la siguiente forma:
>
> linea indicadora:
>
> >Nombre de la secuencia
>
> siguiente linea:
>
> cadena de caracteres.
>
> AKGKA ......
>
> Ejemplo:
>
> >LmjF02.0410|RNA-editing complex protein MP81, putative
> MHTAVLRQLSTPSTRPSGTANGGFGSSGVRDGSAPAPPSRGDGAATAPQQRSSHGVSSEL
> >LmjF26.0390|RNA editing 3' terminal uridylyl transferase 2,RET2, RNA
> editing complex MP57
> MHAPTPLYLYVAVTRGLCSSAVAASSSADAASSPSAASSSTSEGVSYASHLVASNDHYVQ
>
>
> Necesito redireccionar a un archivo de texto  por ejemplo la linea que
> dice >LmjF02.0410|RNA     HASTA   EL FINAL DE LA CADENA DE CARACTERES,
> MEJOR DICHO HASTA ANTES DONDE EMPIEZA LA SIGUIENTE LINEA  CON EL SIGNO >
>
> En otras palabras necesito extraer un intervalo desde una linea > con un
> nombre hasta la proxima linea > con otro nombre
>
>
> Les agradezco mucho cualquier ayuda.
>

¿Te sirve eso?

cat archivo.txt | grep ">LmjF^[>]"

Lo anterior te extrae del texto las lineas que comienzan por ">LmjF" (según
te ejemplo) seguido de cualquier cosa que *no* sea un nuevo símbolo ">". No
obstante, debes saber qué se diferencia entre una línea que quieras extraer
y otra que no (por ejemplo, el número de después de "LmjF", porque de este
modo te extraería el fichero completo.

Un saludo.

-- 
Jesús Serrano Sánchez-Toscano
[ Ubuntu User #6321 ]
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