Extraer varias lineas de texto

[Raul Veleiro A (en Yahoo)]

--- Andrés Flórez <andrewflorez en gmail.com> escribió:

> Hola a todos:
> 
> Tengo una dificultad para manipular archivos de
> texto:
> 
> Un archivo tiene varias lineas de la siguiente
> forma:
> 
> linea indicadora:
> 
> >Nombre de la secuencia
> 
> siguiente linea:
> 
> cadena de caracteres.
> 
> AKGKA ......
> 
> Ejemplo:
> 
> >LmjF02.0410|RNA-editing complex protein MP81,
> putative
>
MHTAVLRQLSTPSTRPSGTANGGFGSSGVRDGSAPAPPSRGDGAATAPQQRSSHGVSSEL
> >LmjF26.0390|RNA editing 3' terminal uridylyl
> transferase 2,RET2, RNA
> editing complex MP57
>
MHAPTPLYLYVAVTRGLCSSAVAASSSADAASSPSAASSSTSEGVSYASHLVASNDHYVQ
> 
> 
> Necesito redireccionar a un archivo de texto  por
> ejemplo la linea que dice
> >LmjF02.0410|RNA     HASTA   EL FINAL DE LA CADENA
> DE CARACTERES, MEJOR
> DICHO HASTA ANTES DONDE EMPIEZA LA SIGUIENTE LINEA 
> CON EL SIGNO >
> 
> En otras palabras necesito extraer un intervalo
> desde una linea > con un
> nombre hasta la proxima linea > con otro nombre
> 
> 
> Les agradezco mucho cualquier ayuda.
> 
> 
> 
> -- 
> Andrés F. Flórez
> 
> Associate Researcher
> PECET.
> Universidad de Antioquia.
> Medellín-Colombia.
> Carrera 53 # 61 - 30
> Phones: (574) 210 6507 / 02
> Fax: (574) 210 6511
> Cell phone: 3103462268
> > -- 
> ubuntu-es mailing list
> ubuntu-es en lists.ubuntu.com
> https://lists.ubuntu.com/mailman/listinfo/ubuntu-es

A ver, tu principal problema es el "ENTER" que hay en
cada linea, pues lo quitamos con el comando "tr",
luego hacemos cut de lo que queda con el delimitador
">". Tambien se puede usar awk.
Estas linea la metemo en un "for" o "while" para que
vaya incrementando la variable "x":

con tr:
cat p.txt | tr '\n' ' ' | cut -d">" -fx

o con awk
cat p.txt | tr '\n' ' ' | awk 'BEGIN { FS = ">" } ; {
print $x }'



Raul

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